วัดตระพังเงินเป็นสถานที่สำคัญอีกแห่งหนึ่ง เป็นโบราณสถานสำคัญตั้งอยู่บริเวณขอบตระพังเงินด้านทิศตะวันตก มีเจดีย์ทรงพุ่มข้าวบิณฑ์ หรือดอกบัวตูมเป็นประธาน บริเวณเรือนธาตุจะมีชั้นประดิษฐานพระพุทธรูปปูนปั้นประทับยืนทั้ง 4 ทิศ
วัดตระพังเงิน ตั้งอยู่ทางตะวันตกของวัดมหาธาตุ (คำว่า ตระพัง เป็นภาษาขอม หมายถึง สระน้ำ หรือหนองน้ำ) เป็นโบราณสถานสำคัญตั้งอยู่บริเวณขอบตระพังเงินด้านทิศตะวันตก มีเจดีย์ทรงพุ่มข้าวบิณฑ์ หรือดอกบัวตูมเป็นประธาน บริเวณเรือนธาตุจะมีชั้นประดิษฐานพระพุทธรูปปูนปั้นประทับยืนทั้ง 4 ทิศ ด้านหน้าเป็นวิหาร 7 ห้อง ฐานและเสาก่อด้วยศิลาแลง ภายในประดิษฐานพระพุทธรูปปูนปั้นปางมารวิชัย บริเวณตรงกลางตระพังเป็นเกาะขนาดเล็ก เป็นที่ตั้งของพระอุโบสถ บริเวณตระพังจะมีดอกบัวขึ้นอยู่รอบสระสวยงามมาก
วัดตระพังเงิน ไม่มีกำแพงแก้ว มีเจดีย์ทรงดอกบัวตูมเป็นประธาน ลักษณะเด่นของเจดีย์ทรงดอกบัวตูมของวัดนี้ คือ มีจระนำที่เรือนธาตุทั้งสี่ด้านประดิษฐานพระพุทธรูปยืน และพระพุทธรูปปางลีลา ซึ่งแตกต่างไปจากเจดีย์ทรงดอกบัวตูมในที่อื่น ๆ (จระนำ หมายถึง ชื่อซุ้มท้ายวิหาร หรือท้ายโบสถ์ มักเป็นช่องตัน) วิหารประกอบอยู่ด้านหน้า ด้านตะวันออกของเจดีย์ เป็นเกาะมีโบสถ์ตั้งอยู่กลางน้ำตามคติ อุทกสีมา หรือ นทีสีมา คือการใช้น้ำเป็นสีมาของโบสถ์ หรือเขตสังฆกรรมของโบสถ์ เช่นเดียวกับวัดสระศรี โบสถ์นี้ตั้งอยู่ในสระน้ำที่มีชื่อว่า ตระพังเงิน บริเวณตระพังมีดอกบัวขึ้นอยู่รอบสระทำให้เกิดทัศนียภาพที่สวยงามมาก